一、学生参与度不均衡
通过观察，不难发现，小组合作学习确实增加了学生参与的机会，但是好学生参与的机会更多，往往扮演了一种帮助的角色，困难学生成了听众，往往得不到独立思考的机会而直接从好学生中获得信息，致使困难学生在小组合作学习中的获益比在班级教学中的获益还少。我们不难有这样的发现：在小组活动中好学生发言的机会多，代表小组汇报的现象多。在小组合作学习中优等生有了发挥自己潜能、表现自己才能的舞台，而相对而言的学困生则往往被忽视，无形中失去了思考、发言、表现的机会。
二．有些小组合作学习，合作之前缺乏必要的前提准备就匆忙展开讨论，小组合作次序混乱，学生发言七嘴八舌，没有中心。
三．重视整体评价，忽略个体的发展
教师在教学时往往把评价和奖赏过多地放在小组整体上，从而忽略个体的发展。当然，小组合作学习只是一种形式，它是为学生个性的全面发展服务的